Музей был создан благодаря палеонтологической, археологической и минералогической коллекции с архивами одного из первых краеведов и исследователей Южной Сибири Андреем Викторовичем Анохиным.

На территории музея расположен мавзолей "Укокской принцессы" – это мумифицированное тело женщины из высшего слоя общества. Тело было обнаружено научной экспедицией в одном из курганов на Плато Укок в 1993 году.

Музей обладает коллекцией китайского и западноевропейского фарфора. Вазы, кашпо и скульптуры были привезены на Алтай бийскими купцами в конце ХIХ–начале ХХ вв.