1. Музей-заповедник включён в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации, включает в себя  ансамбли Кирилло-Белозерского и Ферапонтова монастырей, а также самую древнюю в Российской Федерации точно датированную деревянную церковь Ризоположения 1485 года.

2. С 2000-года Ансамбль Ферапонтова монастыря с росписями Дионисия включён в Список Всемирного наследия ЮНЕСКО

3. В фондах музея хранятся личные вещи основателей Кирилло-Белозерского, Ферапонтова монастырей и Нило-Сорской пустыни