Парк включен во Всемирную сеть Биосферных Резерватов ЮНЕСКО. Часть Кенозерского национального парка, а именно объект «Заповеданное Кенозерье» планируется внести в список Всемирного наследия ЮНЕСКО.

Кенозерский героический эпос вошёл в сокровищницу фольклористики огромным наследием: здесь русскими и советскими учёными-фольклористами, этнографами были записаны свыше 3000 текстов былин, сказок и других произведений устного народного творчества. Также на территории природного комплекса располагаются несколько церквей, которые ценны расписными потолками – так называемыми «Небесами ручной работы».

На территории Кенозерского национального парка зарегистрировано 50 видов млекопитающих, 263 вида птиц, 4 вида рептилий, 5 видов земноводных; обнаружено около 800 видов высших сосудистых растений, многие из которых занесены в Красную книгу России и Международного Союза охраны природы. В почти 300 озёрах и реках, что само по себе нетипично для территорий водоразделов, обитают 28 видов рыб и 2 вида миног